殺菌とは、薬品などで有害性や病原性を有する糸状菌・細菌・ウィルスなどの微生物を死滅させる操作のことをさします。電磁波・温度・圧力・薬理作用などを使って細菌などの組織破壊するか、微生物は生存不可能な環境を生成することで行われます。